Biuro do spraw Substancji Chemicznych wspólpracuje, w ramach swoich kompetencji, przede wszystkim z trzema instytucjami Unii Europejskiej - Europejską Agencją Chemikaliów (ECHA), Komisją Europejską i Radą Unii Europejskiej.

Współpraca z ECHA przedstawiona została w oddzielnej sekcji - TUTAJ.

Z Komisją Europejską, Biuro wspórpracuje m.in. w następujących dziedzinach:

• REACH  i CLP - w ramach spotkań właściwych organów dla rozporządzeń REACH i CLP (CARACAL),
• eksport i import chemikaliów  -  spotkania wyznaczonych organów krajowych w ramach rozporządzenia (WE) nr 689/2008
• detergenty - w ramach Grupy Roboczej ds. detergentów,
• DPL - w ramach Grupy Roboczej ds. Dobrej Praktyki Laboratoryjnej.

Z Radą Unii Europejskiej Biuro wspólpracuje m.in. w następujących dziedzinach:

• zagadnienia związane z chemikaliami (Konwencja Rotterdamska; proces synergii pomiędzy Konwencją Bazylejską, Rotterdamską i Sztokholmską; Strategiczne Podejście do Międzynarodowego Zarządzania Chemikaliami (SAICM) oraz globalne działania w odniesieniu do rtęci - w ramach Grupy Roboczej ds. Międzynarodowych Aspektów Ochrony Środowiska (podgrupa WPIEI-Chemikalia oraz podgrupa WPIEI-Synergia). W tym przypadku Biuro ściśle współpracuje z Ministerstwem Środowiska.
• harmonizacja techniczna (np. w odniesieniu do zabawek) - w ramach Grupy Roboczej ds. Harmonizacji Technicznej.